Bei der Probenentnahme ergaben sich folgende Probleme: Das Auffinden von lebenden Hyphen im Holz mit FDA war nicht immer sicher möglich (s. Abschnitt 3.2.2). Dies könnte an Verletzungen der Hyphen liegen, wie sie beim Schneiden des Holzes entstehen. Denn werden Hyphen angeschnitten oder abgerissen, fließt das Cytoplasma aus, und die Fluoreszenz erlischt. (Dies entspricht der schnellen "Fluoreszenzlöschung" der nicht in der Zelle befindlichen Lösung.) Die Hyphen sterben dabei bis zum anschließenden Septum ab. Das Plasma des angrenzenden Hyphenabschnittes scheint vollständig intakt zu bleiben. In diesem Zusammenhang brachte auch ein Spalten des infizierten Holzes keinen Vorteil, da hier die Hyphen wahrscheinlich zerrissen wurden. Außerdem erschwerte die ungleichmäßige Oberfläche das Mikroskopieren stark.

Vergleichsweise gut gelangen die Nachweise mit FDA in etwas stärker abgebautem Holz, das bei den untersuchten Holzproben insgesamt mehr Hyphen enthielt (Abb. 48). Zu bedenken bleibt, wie oben erwähnt, daß nahezu vollständig abgebautes Holz kaum noch Hyphen enthält. Für die Begutachtung von befallenen Gebäuden sind aber die entscheidenden Holzteile nicht diejenigen, die den maximalen Befall haben, sondern jene im Bereich zwischen "gesundem" und befallenem Holz. Die Färbemethode mit FDA wird gerade in dem Bereich unsicher, wo ihre Anwendung am wichtigsten wäre.

Hinzu kommt, daß die Hyphen von S. lacrymans, die im Holz liegen (Substrathyphen), z. T. nur einen Durchmesser von ca. 2 µm haben und nur einfache Schnallen bilden (Jennings et al. 1991, 13). Durch diesen Umstand wurden die Beobachtungen weiter erschwert. Oftmals können Schnallen nicht sicher beobachtet werden, so daß Artdiagnosen ohne das Oberflächenmycel nicht möglich sind (s. Abb. 44).

Aus all dem folgt, daß mit Hilfe einer FDA-Fluorochromierung Hyphen außerhalb des Holzes sehr gut, die im Holz jedoch nicht so leicht auf ihre Vitalität anzusprechen sind.